Najstariji tragovi života ljudi na ovim prostorima potiču iz perioda Ilira (1500 god. p.n.e.), kada su ove prostore naseljavala ilirska plemena Autarijati i Ardijeji. U okolini su pronađene njihove grobnice. U kasnijem periodu ovaj kraj je ulazio u sastav rimske provincije "Malavico". Dolinom Drine je prolazio rimski put "Via Drina", a u ovaj kraj tada dolaze germanski rudari Sasi, po kojima jedan dio Višegrada i danas zovemo Sase.
U župi, nizvodno od Višegrada pronađeni su rimski novčići Constantinus I i II. Istraživanjima Zemaljskog muzeja iz Sarajeva iz 1966. god. na području sela Mušići pronađeni su ostaci slovenske keramike iz VI i VII vijeka koji svjedoče o naseljavanju Slovena na ovom prostoru. U okolini Višegrada nalazi se i veliki broj lokaliteta sa srednjovjekovnim stećcima, od kojih su najpoznatija Velika i Mala Gostilja.
Zbog svog geografskog, strateškog i ekonomskog položaja Višegrad je imao burnu istoriju i bio meta mnogih osvajača. U vrijeme Stefana Nemanje čitav kraj ulazi u sastav srpske države Nemanjića. Sredinom 14. vijeka bio je pod vlašću srpskog župana Nikole Altomanovića. Tada ovaj kraj zauzima bosanski kralj Tvrtko I i priključuje ga Bosanskom kraljevstvu.
Po turskim izvorima 1544. godine ovaj grad osvaja Osman Paša i on ostaje pod turskom vlašću, sve do Berlinskog kongresa 1878. kada čitavu Bosnu preuzima Austrougarska. Dolaskom Austrougara Višegrad dobija konture gradske sredine. Oni grade vodovod, uvode zemljišne knjige, grade uskotračnu prugu i javne građevine.
Poslije Prvog svijetskog rata Višegrad ulazi u sastav Kraljevine Jugoslavije, u okviru Bosne i Hercegovine.
Prvi i Drugi svjetski rat su ostavili grad u ruševinama, većina objekata je bila teško oštećena, uključujući i višegradsku ćupriju.
Višegrad se danas nalazi u okviru Republike Srpske, koja je sastavni dio nezavisne države Bosne i Hercegovine.